地方創生スタートアップ補助金まとめ｜地方移転・拠点設置で使える支援制度

地方への移転や拠点設置を検討するスタートアップが活用できる補助金は、国・自治体合わせて多岐にわたります。地方創生起業支援金（最大200万円）や移住支援金など、2026年時点で活用しやすい主要制度を整理しました。

地方スタートアップ補助金を選ぶ前に知っておくべきこと

地方移転や地方拠点設置を検討するスタートアップが活用できる補助金は、大きく2種類に分かれます。地方創生系と汎用補助金の地方適用です。

地方創生系は内閣府・総務省が所管し、東京圏からの移住や地方での起業を直接支援するものです。汎用補助金はものづくり補助金やIT導入補助金など全国共通の制度で、地方の拠点でも申請できます。

補助金の2種類と特徴

種類	主な所管	特徴
地方創生系	内閣府・総務省	東京圏外での起業・移住が対象。社会的事業との接点が審査のポイント
汎用補助金	経産省等	地域問わず申請可能。設備投資・DX・製品開発への幅広い活用が可能

東京圏スタートアップが地方展開する際の注意点

東京都・神奈川県・埼玉県・大阪府は地方創生起業支援金の対象外です。地方に拠点を設置するだけでは対象にならないケースもあり、移住要件を伴う支援金と設備投資系補助金を切り分けて考えることが重要です。

2026年時点では補助金の予算規模が過去最大級に膨らんでいます。移転コストを補助金で圧縮しながら成長を加速させる戦略が、以前よりも取りやすい環境になっています。

地方創生スタートアップ補助金・支援金5選

国が用意している地方創生スタートアップ向けの補助金・支援金の中から、使いやすい5制度をまとめました。

① 地方創生起業支援金（最大200万円）

内閣府の地方創生推進事務局が実施する制度です。地域の課題に取り組む社会的事業を新たに起業する方に対し、事業費の1/2（最大200万円）を助成します。

対象地域は原則として東京圏以外の43道府県です。都道府県ごとに実施主体（執行団体）が異なり、事業計画の審査と伴走支援を担います。申請から採択まで数か月かかる場合があるため、移転・起業計画と並行して早めに動き出すのが自然です。

審査の核心は「社会性・事業性・必要性」の3点です。子育て支援、買い物弱者支援、地域産品活用など、地域固有の課題を解決する事業であることが前提になります。

② 地方創生移住支援金（最大100万円）

東京23区に在住または通勤していた方が、東京圏外に移住して就業・起業した場合に支給される支援金です。世帯の場合は最大100万円、単身の場合は最大60万円が支給されます。

申請要件は、移住前1年以上の東京23区在住または通勤であること、移住後の就業先または事業が対象地域内にあることです。①の起業支援金と同時に活用できる自治体もあります。移住支援金は非課税ですが、起業支援金は事業収入として課税対象になる点は押さえておくとよいでしょう。

③ ローカル10,000プロジェクト（総務省）

地域密着型の起業・新規事業を支援する総務省のプロジェクトです。事業立ち上げに必要なコンサルティング費用などのソフト経費について、特別交付税措置が講じられます。

特定の補助金というよりも、自治体が採選した事業に対して国が財政支援する枠組みです。地域金融機関と連携しながら、公費で民間事業者の初期投資を助成します。

活用する場合は、移転先の自治体がローカル10,000プロジェクトを採選しているかどうかを事前に確認する必要があります。直接的な補助金とは仕組みが異なるため、自治体担当者への問い合わせが最短ルートです。

④ 成長加速化補助金（経産省）

2026年に拡充されたスタートアップ・中小企業向けの大型補助金です。「売上高100億円を目指す企業の創出」を政策目標とし、設備投資・事業開発費が対象になります。

地方拠点への設備投資や人件費が対象となるケースもあります。補助率・補助上限は公募要領によって毎回変わるため、最新の公募情報を経産省の中小企業向けポータル（ミラサポplus）で確認することが不可欠です。

⑤ ものづくり補助金・IT導入補助金（汎用）

全国共通の補助金で、地方拠点でも申請できます。ものづくり補助金は2026年5月で公募終了し、6月に「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」へ統合されました。新制度では製造業・非製造業を問わず新製品・新サービスの開発に使え、最大7,000万円の補助が可能です（賃上げ特例で最大9,000万円）。

IT導入補助金は、地方オフィスのDX推進と組み合わせやすい制度で、業務管理ソフトウェアやクラウドシステムの導入費用が対象です。補助率は1/2～3/4程度で、中小企業・スタートアップが申請しやすい条件になっています。

汎用補助金は地方創生系と異なり「社会的事業」要件がないため、プロダクト開発・設備投資・DX推進などの一般的な事業目的でも申請できます。

自治体独自の補助金を活用する方法

各都道府県・市区町村が独自の補助金・助成金を設けています。国の制度だけでなく、移転先の自治体が用意している独自支援を確認するプロセスが欠かせません。

探し方は3つの方法が現実的です。J-Net21（中小機構）の補助金・助成金検索で地域とテーマを絞り込む方法、移転先の都道府県・市区町村の産業振興部門のページを直接確認する方法、地元の商工会議所・商工会に問い合わせして情報収集する方法です。

自治体独自の補助金は国の制度と比べて募集期間が短いことが多く、見落としやすい難点があります。年度当初（4～5月）に一括で調べておくと、申請機会を逃しにくくなります。

補助金活用の3つの注意点

事前申請が原則

補助金の多くは「事前申請・後払い」の仕組みです。移転や設備投資を実行した後に申請しても、対象外になります。計画段階から申請受付スケジュールを確認し、先行して採選を受けてから実施するのが基本です。

「社会的事業」要件を意識した事業設計

地方創生起業支援金は、単なる事業拡張ではなく「地域課題の解決」との接点が問われます。事業計画を作成する際に、地域の雇用創出・課題解決への具体的な貢献を記述することが採選率を上げます。

二重受給に注意しながら組み合わせる

同一経費への二重受給は原則禁止です。ただし、異なる経費に対して複数の補助金を活用する「組み合わせ申請」は認められる場合があります。各補助金の要件を個別に確認したうえで、公認会計士・行政書士などの専門家に相談するのが現実的です。

よくある質問

東京都に本社があるスタートアップは地方創生補助金を使えますか？

地方創生起業支援金・移住支援金は、東京都・神奈川県・埼玉県・大阪府を支援対象外としています。地方に拠点を設置する場合は、設置した地域の自治体独自補助金や汎用の国補助金（ものづくり補助金等）は活用できます。

補助金の申請は移住前と移住後のどちらで行いますか？

補助金の大半は「事前申請制」です。移転・設備投資を実行する前に申請し、採選を受けてから実施するのが原則です。移転後の申請では対象外となる場合があります。

複数の補助金を同時に申請できますか？

異なる経費を対象とした補助金の組み合わせ申請は、条件を満たせば可能です。同一経費への重複申請は禁止されているため、各補助金の対象経費と要件を個別に確認してください。

まとめ

• 地方創生起業支援金は最大200万円。東京圏以外の43道府県が対象で、社会的事業の起業に活用できる
• 移住支援金は最大100万円（世帯）・60万円（単身）。東京23区からの移住と地方就業・起業がセットの条件
• ものづくり補助金・IT導入補助金など、全国共通の汎用補助金も地方拠点で申請可能
• 自治体独自の補助金と組み合わせることで、地方創生スタートアップ補助金の効果をさらに高められる
• 「事前申請が原則」「同一経費の二重受給禁止」の2点は、どの制度でも共通の注意点

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